Z-curva

Z-curva

Un método Z-curva (o Z curva) es un algoritmo bioinformático para análisis de secuencias de genomas. Una Z-curva es una curva tridimensional que constituye una representación exclusiva (biyectiva) de una secuencia de ADN: para la Z-curva y la secuencia dada de ADN que representa, cada una sólo puede ser reconstruida exclusivamente desde la otra.[1] La curva resultante tiene forma de zig-zag, y de ahí su nombre. Este método ha sido utilizado en diferentes áreas de la investigación genómica, como la identificación de orígenes de replicación,[2] predicción de genes ab initio,[3] identificación isocórica (largas regiones de ADN, mayores de 3 KB, homogéneas en contenido GC),[4] identificación de islas genómicas,[5] y genómica comparativa.[6]

Referencias

  1. ↑ Zhang CT, Zhang R, Ou HY (2003). «The Z curve database: a graphic representation of genome sequences». Bioinformatics 19 (5):  pp. 593-99. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=12651717&query_hl=2&itool=pubmed_DocSum. 
  2. ↑ Zhang R, Zhang CT (2005). «Identification of replication origins in archaeal genomes based on the Z-curve method». Archaea 1 (5):  pp. 335-46. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=15876567&query_hl=2&itool=pubmed_docsum. 
  3. ↑ Guo FB, Ou HY, Zhang CT (2003). «ZCURVE: a new system for recognizing protein-coding genes in bacterial and archaeal genomes». Nucleic Acids Research 31:  pp. 1780-89. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=12626720&query_hl=2&itool=pubmed_DocSum. 
  4. ↑ Zhang CT, Zhang R (2004). «Isochore structures in the mouse genome». Genomics 83 (3):  pp. 384-94. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=14962664&query_hl=2&itool=pubmed_docsum. 
  5. ↑ Zhang R, Zhang CT (2004). «A systematic method to identify genomic islands and its applications in analyzing the genomes of Corynebacterium glutamicum and Vibrio vulnificus CMCP6 chromosome I». Bioinformatics 20 (5):  pp. 612-22. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=15033867&query_hl=2&itool=pubmed_docsum. 
  6. ↑ Zhang R, Zhang CT (2003). «Identification of genomic islands in the genome of Bacillus cereus by comparative analysis with Bacillus anthracis». Physiological Genomics 16:  pp. 19-23. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=14600214&query_hl=2&itool=pubmed_docsum. 

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